Hoy existe en un importante reconocimiento de los territorios indígenas, que posibilita el que estos grupos hayan sido reconocidos como propietarios colectivos de los territorios que lograron conservar, 31 millones de hectáreas, algo así un tercio del territorio nacional, donde tienen cierta posibilidad de un manejo interno de sus asuntos comunitarios; existe también, hasta cierto punto, algunas formas de mantener su autonomía, estimular sus sistemas de salud y algún control entre los sistemas educativos, tanto tradicionales como los de la carcel institucionalizada.
A pesar de los avances legislativos con respecto a la población indígena, aún el 15% de ellos, carece de tierra o no cuenta con reconocimiento por parte del estado de su territorio y derechos de autonomía; aparte de ello, existen varios grupos que sí gozan de este reconocimiento, pero que se encuentran sometidos a fuertes procesos de colonización de diferentes tipos.
En muchas ocasiones sus territorios son influidos e impactados por diferentes problemáticas que atañen al resto de la sociedad nacional, como lo son la guerra, el narcotráfico, o la presión de multinacionales por la apropiación de recursos naturales de sus zonas, casi todos en territorios ancestrales, muchos de ellos considerados sagrados.
